工业科学研究院实行院长负责制，院长宏观把控研究院各项工作。

设执行副院长1名，全面负责研究院日常运行和发展的相关事务。

设副院长若干（根据学术发展方向需要由院长决定设立），主要负责该方向的学术发展与国际交流等工作。

设立行政副院长1名，主要负责研究院日常事务性行政管理工作和保障、服务工作。研究院根据需要设置内部管理机构和学术组织。